Технологията зад BugSpeaks
Shotgun метагеномно секвениране: науката зад теста
Използваме shotgun метагеномно секвениране. То чете цялата ДНК на микробите ти, а не само части от нея.
Как гледаме микробиома
Четири неща, които правят анализа подробен
01 · Дълбочина
Виждаме и редките микроби
Shotgun секвенирането разпознава и микроби с нисък дял в пробата; 16S обикновено дава по-обща картина — до ниво род.
02 · Широта
Цялата ДНК, не само бактериите
Shotgun подходът анализира цялото генетично съдържание в пробата: бактерии, археи, гъби и вируси, както и гените за антибиотична резистентност. Така с един тест получаваш широка картина.
03 · Функция
Кой живее в теб и какво прави
Разпознаването на видовете казва кои микроби живеят в теб. Функционалният анализ казва какво могат да правят: да произвеждат витамини, късоверижни мастни киселини и невротрансмитери и да разграждат определени храни.
04 · Обоснованост
Препоръки, стъпили на твоите данни
Данните се превръщат в конкретни стъпки: 12-седмичен план, съобразен с твоя профил. Подходът е клинично изпитан в пилотно отворено рандомизирано проучване с 30 възрастни (Индия, 90 дни), проведено и финансирано от Leucine Rich Bio (PeerJ, 2024). Резултатите не са потвърдени от независими проучвания и не означават, че тестът или планът лекуват заболявания.
Сравнение на методите
С какво се различава нашият метод?
Всеки метод има силни страни. Тук ги сравняваме един по един и показваме къде BugSpeaks дава по-широка картина.
срещу16S тестове16S секвенирането чете само един ген и вижда само бактерии. Дава добър общ преглед, но не и дълбочината, нужна за конкретни решения.
BugSpeaks16S тестове
Какво получаваш
От секвенирането до конкретни отговори
От секвенирането получаваш данни, с които можеш да промениш храненето си. Ето какво точно научаваш.
- 01
Над 100 показателя
Потенциал за витамини, метаболити и невротрансмитери, полезни и опортюнистични микроби, разграждане на лактоза, фруктоза, глутен и хистамин, гени за резистентност към 90 антибиотика, пет здравни показателя и прилика с микробиома при 8 често срещани състояния.
- 02
90 антибиотика
Докладът показва кои известни гени за резистентност носят чревните ти бактерии — обща информация за микробиома. Не показва дали дадено лечение ще подейства, не е антибиограма и не служи за избор на антибиотик.
- 03
Резолюция до ниво вид
Чревният доклад показва поотделно дела на 21 вида лактобацили, не само на рода като цяло.
- 04
Функционални пътища
Анализ на метаболитните способности на твоя микробиом — как обработва макронутриентите, какви късоверижни мастни киселини произвежда.
- 05
Сравнение с референтни групи
Резултатите се сравняват с референтна група, определена от лабораторията, за да видиш ясно къде стоиш спрямо нея.
- 06
Персонализиран план
12-седмичен хранителен план с конкретни препоръки според профила на микробиома ти.
Процесът
От пробата до доклада
Шест стъпки от отварянето на комплекта до доклада в профила ти.
Стъпка 01
Вземане на пробата вкъщи
В комплекта има инструкции и стерилни пособия. Взимаш проба от изпражненията за около 5 минути. Не е нужно да гладуваш или да се подготвяш специално.
Стъпка 02
Връщане на пробата
Слагаш пробата в стерилния контейнер с консервант и я връщаш при нас в България безплатно, с приложената товарителница. Оттам я изпращаме до лабораторията само с кода на теста. Консервантът стабилизира ДНК до 30 дни на стайна температура.
Стъпка 03
Извличане на ДНК
В лабораторията специалистите извличат целия генетичен материал от пробата чрез механична и химична лиза. Качеството на ДНК се проверява чрез флуорометрично количествено определяне и гел електрофореза.
Стъпка 04
Подготовка на библиотека и секвениране
ДНК се секвенира чрез shotgun метагеномика на платформа Oxford Nanopore — технология с дълги четения, които обхващат фрагменти ДНК от хиляди до над 100 000 бази. Дългите четения помагат микробите да се разпознаят до ниво вид.
Стъпка 05
Биоинформатичен анализ
Четенията минават контрол на качеството и подравняване спрямо референтни бази данни (NCBI RefSeq, KEGG, ResFinder). Прилагат се таксономична класификация, оценка на изобилието и функционална анотация.
Стъпка 06
Интерпретация и доклад
Резултатите се обработват с алгоритмите на лабораторията и от тях се съставя 48-страничен доклад на български с Rych Index™, конкретни показатели и 12-седмичен план.
Лаборатория и научна основа
Къде се прави анализът
и на какво стъпва
Лабораторията
Анализът се прави в лабораторията на Leucine Rich Bio в Индия чрез shotgun метагеномно секвениране на платформа Oxford Nanopore.
Научна основа
Технологията стъпва на изследванията на Leucine Rich Bio Pvt Ltd, публикувани в рецензирани списания.
Защита на данните
Профилът и докладът ти се съхраняват криптирани в ЕС (Франкфурт). Лабораторията в Индия получава пробата и данните за анализа само под кода на теста — без име и контакти — и пази суровите данни до 2 години. Не продаваме данни и не ги ползваме за реклама.
Технически въпроси
Методът в подробности
За читателите, които искат да разберат как точно работи технологията зад резултатите.
Секвенирането се извършва чрез shotgun метагеномика на платформа Oxford Nanopore (дълги четения). Shotgun секвенирането разпознава и микроби с нисък дял в пробата.
16S rRNA секвенирането чете само един консервативен ген, общ за всички бактерии. Обикновено стига до род или семейство и не показва голяма част от информацията: функционалните пътища, гените за антибиотична резистентност, небактериалните микроорганизми. За по-подробен анализ това е малко. Shotgun метагеномиката чете цялата ДНК в пробата и дава и тази информация.
Да. За разлика от 16S rRNA и методите с qPCR, shotgun метагеномният подход чете цялата ДНК в пробата: бактерии, археи, гъби (Candida, Saccharomyces и др.), бактериофаги и ДНК вируси. В доклада виждаш профила на цялата микробна общност.
Четенията се подравняват спрямо референтни геномни бази данни (NCBI RefSeq, Genome Taxonomy Database). Алгоритмите търсят специфични маркерни гени, които различават отделните видове — например различните видове Lactobacillus или Bifidobacterium.
Разчитанията се сравняват със специализирани бази данни като CARD (Comprehensive Antibiotic Resistance Database) и ResFinder, в които са каталогизирани известни гени за резистентност. Докладът показва кои от тези гени, свързани с 90 антибиотика, носят чревните ти бактерии — обща информация за микробиома. Не показва дали дадено лечение ще подейства, не е антибиограма и не служи за избор на антибиотик.
Освен че разпознаваме видовете, анализираме и какво правят те в биохимичен план. Четенията се съпоставят с метаболитните пътища в базата KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Така научаваме доколко микробиомът ти може да произвежда късоверижни мастни киселини, витамини и невротрансмитери или да разгражда определени молекули като глутен и лактоза.
1) ДНК секвенирането показва кои микроорганизми присъстват, но не и кои са метаболитно активни в момента. За това е нужно РНК секвениране, което е значително по-скъпо. 2) Резултатът показва микробиома към деня на пробата, а той се променя с храненето и стреса. 3) Тестът не е предназначен за диагностика, профилактика, проследяване или прогноза на заболявания — резултатите описват микробите и храненето, не здравословното ти състояние.
Резултатите се сравняват с референтна група, определена от лабораторията. Алгоритъмът показва къде е резултатът ти спрямо тази група, а не спрямо абсолютни „идеални“ стойности, защото микробиомът е различен при всеки човек.
Микробиомът се променя от ден на ден, затова две проби от един човек не са напълно еднакви. За проследяване препоръчваме повторен тест след 10–12 седмици.
